Python

Pythonを使えるようにする anacondaとpipを導入する

1.Anacondaのインストール

医療関係者でPythonを使いたいならまずAnacondaを導入しましょう。

pythonが「ニシキヘビ」ならanacondaは「大蛇」です。

pythonに関連したツールがまとめて入っています。
最近のMacだとはじめからはいっているツールもありますが、
Pythonは基本文法が入っているプログラミングツールです。

統計やグラフ、画像解析など行うのであれば、それぞれのツールをインストールする必要があります。
Anacondaをインストールすれば、それらに必要なソフトがまるごと入ります。

Pythonとそれぞれのツールを
いちいち一つずつダウンロード、インストールするのは面倒です。

anacondaをインストールすることで解析に必要なツールをまるっとインストールできます。
便利です。

手順を解説していきます。

① anacondaのホームページに行く

https://www.anaconda.com
のページに行きます。 Googleで調べれば出てきます。

Get Startedから入ります。

② OSにあったanacondaをダウンロードする

以前はPython2のものもありましたが、現在はPython3対応のものだけとなりました。

③ パッケージをインストールする。

④ インストールされたことを確認する

ターミナルで

which pythonと入れます。

anaconda由来のpythonであることが表示されます。

2.pipのインストール

データ処理をするにつれて、ほかのツールをインストールすることが出てきます。
放射線画像を読むのであればpydicom、画像表示や形状解析するならvtkなどです。

これらをインストールために便利なのが「pip」というツールです。
pip install —-でインストールできますので必要あるものがサクサクインストールできます。
はじめから導入されていないようであれば導入しておきましょう。

こんなイメージです。

anaconda同様にひとつひとつのツールを入れるのは大変です。
もともとまとめて入れるというには少し専門性の高いツールが多くなってきます。

必要に応じて使用するツールをインストールしていきます。

① pipのインストールの方法(Mac OS)

ターミナルを開き、

curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py

と入力します。

次にget-pip.pyをpythonで実行します。

python3 get-pip.py

pythonを導入する前だとエラーになるので注意しましょう。

② pipをつかってツールをインストールしてみる

pip install “モジュール名”

でインストールできます。
試しに医療画像であるDICOM画像を読むツールの「pydicom」を導入してみましょう。
ネットにつながった状態です。

pip install pydicom

と入力します。
そのままインストールされます。

確認はターミナルでipythonのインタープリタを開き、

import pydicom

と入れるとインストールされていることがわかります。

 
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