ソフトウェア

3D Slicerで３次元表面データを構築する③

 

このページは表面データ構築ソフト 3D Slicerの使用方法の３ページ目です。

最初のページはこちら

このページの内容

Threshold機能は、指定範囲の画像を
このままでは前腕すべての表面データとなってしまいます。

また、前腕から離れた場所の表面データも拾っています。

そのため、セグメンテーションツールを利用して橈骨のみ取り出します。

基本は

「連続領域選択 Islands」と「切り分け Scissors」
を繰り返して領域を絞り、

「描画 Paint」と「消去 Erase」
で仕上げます。

セグメンテーションツールから、Islandsをクリックします。
メニュー内のKeep selected islandを選びます。

そして橈骨内の色塗りされた領域を選びます。

すると、選んだ領域に接している領域のみ残ります。
はなれた領域は消えます。

この操作は主に３次元ビューアーで行います。
必要に応じてビューアーの形式を変更しておくと見やすいです。
Layoutメニューから変更できます。

ハサミの形をしたアイコンのセグメンテーションツールを選びます。

切り分けたいところに近づき、
関心領域と切り離したい部分を囲みます。
囲んだ領域が消えます。

ハサミの機能はメニューからいろいろ変更できるようですが、基本的にはこの切り分けが１番直感的でわかりやすいです。

ふでと消しゴムのアイコンです。
Paintツールは、半径を指定して円をつくり、
塗りたいスライスでクリックして色塗りします。
Eraseツールは逆に指定部分を消去できます。

Sphereというメニューがあり、ここを選ぶと球で色塗りできます。
球関節などを塗るのに重宝します。

ツールを交互に使っていき、表面モデルを完成させる

①連続領域選択をまずおこなって、②切り分け、
関心領域が独立したと思ったら再び①を行います。

仕上げに③で切りすぎた部分を塗ったり、
切り足りない部分を消したりします。

そうして対象物の表面データを仕上げます。

通常はSegmentationは色塗りの情報です。
これらはCT画像を塗っているため、実際は立方体の集合なのでガタガタした形です。

それを表面データにするとき、スムージングをかけ、きれいな状態にしています。
スムージングが強すぎると特徴点を失うなどの欠点もあります。

スムージングの値は、Show 3Dの横のボタンをプルダウンしたときにでる
「Smoothing factor」という値で決定されています。

デフォルトは0.50ですが、私自身は0.20-0.30を好んで設定しています。

実際に表面データをみて、自分が必要な特徴点が反映されているか判断しましょう。

完成した表面データを保存しましょう。
おすすめは「.stlファイル」という形式で保存することです。
このファイル形式は様々なアプリケーションで開けるほか、多くの３Dプリンタも対応しています

まずはSegmentationsのプルダウンから、
「Export to files」
を選択しましょう。

デフォルトでは3D Slicerのアプリのフォルダに保存されてしまうので、
この欄をクリックして変更します。

Segmentaion_[セグメント名].stl
の名前でstlファイルが出力されます。

ここまでで保存されるのはセグメントの表面データのみです。

操作を中断して、同じところから再開したいときには
このシーン全体を保存します。

この時は左上の「save」アイコンから保存を行います。

保存すべきデータ一覧がでてくるので、チェックをいれたまま
「Change Directory」
で保存場所を変更します。

それから「Save」ボタンで保存できます。


このなかの—-Scene.mrmlというファイルを3D Slicerで開くと、
保存した時の環境を再現できます。

CT画像の表示にはもとのCTデータにアクセスできる必要があります。

 

ページ　１ ／ ２ ／ ３
ソフトウェア 画像解析
関連のある記事